A presença de um delta em mar aberto atraiu, à região, navegadores e aventureiros como Nicolau Resende (1571), Gabriel Soares de Sousa (1587), Pero Coelho de Sousa (1602), Martin Soares de Sousa (1631) e Vital Maciel Parente (1614). Padres jesuítas e pesquisadores também exploraram a região e relataram a grandiosidade do rio e do seu delta, muito antes da chegada dos bandeirantes paulistas, desbravadores e colonizadores do Piauí. Essa região, povoada pelos índios Tremembé, foi alvo de uma intensa ação dos jesuítas, a partir de 1607. A cidade está localizada entre o rio Igaraçu e a Serra da Ibiapaba e seu nome surgiu, segundo alguns relatos, do desejo dos primeiros exploradores do Piauí prestarem homenagem ao então distrito Paulista de Parnaíba (de onde partiram as Bandeiras e cidade natal do bandeirante Domingos Jorge Velho). Outros relatos atribuem a origem do nome à da palavra da língua tupi que significa "grande rio não navegável". 

Em 1669, século XVII, Leonardo de Sá e seus companheiros desbravaram a região entre o rio Igaraçu e a Serra da Ibiapaba e lutaram contra os Tremembés - guerreiros e nadadores que dominavam toda região do delta, parte do litoral do Maranhão e do Ceará, e permaneceram na região defendendo suas aldeias durante muitos anos. Dois núcleos deram origem à cidade de Parnaíba: Testa Branca e Porto das Barcas. Testa Branca era uma grande fazenda de gado e que mais tarde, tornou-se um arraial com poucos habitantes e poucas possibilidades de desenvolvimento. Segundo alguns historiadores, o termo ‘testa branca’ foi designado pela existência de uma rês com a testa branca que vivia ali e que simbolizava as areias brancas presentes no povoado. A escolha da sede da nova vila recai sobre a povoação de Testa Branca (povoado com quatro residências, oito brancos livres e onze escravos).

Porto das Barcas – antes denominado Porto Salgado – situado à margem direita do rio Igaraçu, prosperou devido ao grande números de embarcações que o utilizavam. Tornou-se uma próspera feitoria onde o comércio teve notável impulso, administrado pelo português João Paulo Diniz, proprietário de oficinas de carnes secas, situadas a 80 léguas da foz do rio Parnaíba. Ele possuía várias fazendas e trazia em suas barcas, os gêneros alimentícios e charque para enriquecer o comércio de Parnaíba. Em 1711, com a ajuda do coronel Pedro Barbosa Leal e alguns moradores, Diniz construiu uma pequena capela para Nossa Senhora de Mont Serrat, imagem vinda de Portugal e venerada como padroeira da feitoria. 

Em 1758, o português Domingos Dias da Silva, português procedente do Rio Grande do Sul, trouxe fabulosa fortuna em ouro e prata, instalou-se no povoado onde se tornou grande proprietário de terras e poderoso comerciante, exportando seus produtos para Lisboa e importando os que eram necessários à Província. A partir de 1761, iniciou-se o seu desenvolvimento. Funcionava por essa época, no local, uma charqueada de propriedade de Dias da Silva, fundador de Porto das Barcas. Em 1762, foi criada a Vila de São João da Parnaíba, no local chamado Testa Branca, que se transformou em entreposto de transações da carne e couramas. 

A localização da sede municipal em Testa Branca não agradou à população do lugar, que apelou para o Governador e não foi atendida. Apesar das recomendações oficiais, o povo abandonou Testa Branca e passou a residir em Porto das Barcas. Em 1801, o distrito criado recebeu a denominação de Parnaíba e, em 1844, foi elevado à categoria de cidade. Nesse mesmo ano, iniciou-se a construção da Igreja Nossa da Graça (atual Catedral), uma das poucas construções do estilo barroco no Estado. Em 1817, Simplício Dias da Silva,  um escravocrata que possuía cerca de 1.800 escravos, construiu a Alfândega, para estabelecer o controle dos escravos que chegavam à vila e dos que estavam na região há tempos.  Em 14 de agosto de 1844, a Vila São João da Parnaíba é elevada à categoria de cidade pelo presidente da Província do Piauí, José Ildefonso de Sousa Ramos. 

Fonte: IPHAN